Pura ini merupakan Pura Desa dan Pura Puseh yang berfungsi untuk menyembah Tuhan dalam manifestasinya sebagai pencipta dan pemelihara. Pura ini merupakan bagian dari penerapan konsep Tri Kahyangan dan Tri Murti yang diajarkan oleh Mpu Kuturan pada Abad ke-11. Tri Kahyangan merupakan tiga pura yang wajib dibangun dalam setiap Desa yaitu Pura Desa untuk menyembah Dewa Brahma (pencipta), Pura Puseh untuk menyembah Dewa Wisnu (pemelihara), dan Pura Dalam unutk menyembah Dewa Siwa (pelebur). Hal ini bertujuan untuk mempersatukan umat dalam memuja Tuhan sebagai Dewa Tri Murthi.

Pura Puseh dan pura Desa Batuan dibangun pada tahun 944 Isaka (1.020 Masehi).  Sama dengan Pura Desa dan Pura Puseh di Bali lainnya, terdapat beberapa bangunan pada halaman pertama Pura ini meliputi Candi Bentar, Bale Kulkul, Bale Agung, dan Bale Gong. Pada halaman kedua (Jeroan) terdapat bangunan Sanggar Agung, Gedong Agung, Ratu Ketut Petung, dan Ratu Ngerurah. Pada Pura Puseh memiliki sedikit perbedaan dengan bangunan-bangunan pada halaman kedua (Jeroan) berupa: Sanggara Agung, Metu Tumpang Lima atau Tujuh atau Sebelas, Ratu Made Jelawung, Sedahan Pengrurah, Gedong Pertiwi, dan Batur Sari.